Le lendemain matin, Willow va chez Giles pour récupérer son ordinateur portable et continuer d'essayer de décrypter la disquette de l'Initiative. Dans sa chambre, Buffy est toute seule. Ses amis lui manquent, et une photo lui rappelle les bons moments qu'ils ont passé ensemble. Elle décide finalement de partir se battre toute seule : elle attrape un sac et une grande hache. Dans la cave de ses parents, Alex a du mal à se réveiller, et il est triste. Anya arrive et elle lui demande s'il est comme ça à cause de la dispute qu'il a eue avec ses amis. Elle ne comprend pas qu'il réagisse comme ça, et elle le convainc que ce n'est pas important que ses amis pensent qu'il n'a pas d'avenir car il est un bon petit ami, et elle est amoureuse de lui...

Buffy retourne dans la grotte où elle a affronté Adam armée de sa hache. En avançant un peu, elle découvre une salle de contrôle remplie d'ordinateurs. Mais il n'y a personne. En repartant, elle rencontre Spike. Il lui dit qu'il cherchait un coin pour passer le week-end. Buffy, très naïve, ne fait pas le rapprochement. Elle lui explique que c'est la tanière d'Adam. Pendant ce temps, Adam amène Riley dans une salle de l'Initiative que très peu de monde connaît. Deux zombies travaillent sur un corps : ce sont le Professeur Walsh et le Docteur Engleman ! Riley n'en croit pas ses yeux, et soudain, le corps se relève : c'est Forrest, tout rafistolé de partout comme Frankenstein !!!

Dans la chambre de Tara, Willow trouve la solution pour décrypter la disquette. Mais elle se décrypte toute seule avant d'avoir terminé de taper le nouveau code ! A l'Initiative, Riley est assis et il appelle Mme Walsh. Forrest lui explique qu'elle est morte : elle a été réanimé pour exécuter des tâches simples. Il lui explique ensuite qu'il est plus fort que jamais, et qu'il ne regrette pas une seconde son ancienne vie. Il ajoute qu'Adam va faire la même chose avec Riley et qu'il n'a pas le choix.

Sur le campus, Buffy marche sans but précis. En chemin, elle rencontre Alex, Willow et Giles. En discutant, ils se rendent compte que c'est Spike qui les a montés les uns contre les autres. Buffy leur dit qu'elle pense que tout vient d'Adam en fait, car elle pense que Spike travaille pour lui. Willow en profite pour leur dire qu'elle a décrypté la disquette. Elle explique qu'Adam va produire pleins d'hybrides comme lui dans un laboratoire secret de l'Initiative, mais elle ne sait pas où il est. Buffy comprend qu'Adam s'est arrangé pour qu'ils aient cette disquette. Ils comprennent aussi que tous les démons qui se sont entassés depuis quelques temps dans les cellules de l'Initiative sont une sorte de Cheval de Troie : ils vont attaquer de l'intérieur, démons contre soldats. Ça va être un massacre ! Alex se demande pourquoi Adam veut que Buffy soit là, et elle répond que c'est pour être affaiblie. La phase terminale de son plan vient de commencer...

Dans l'appartement de Giles, le scooby gang réfléchit à un moyen de neutraliser Adam. Ils savent que sa source d'énergie est l'uranium, quelque part dans sa colonne vertébrale. Willow propose de l'extraire grâce à la magie, mais la formule est dans une langue que Willow ne parle pas, contrairement à Giles : le Sumérien. Alex dit que la seule solution, c'est d'unir leurs forces : la force de Buffy, les langues parlées par Giles, et la magie de Willow. Ils vont tous les quatre dans la maison qui mène à l'Initiative. Buffy brise le miroir d'accès à l'ascenseur, et ils descendent tous en rappel dans la cage d'ascenseur. En descendant, Buffy s'excuse auprès de Willow d'avoir agi comme elle l'a fait toute l'année, et Willow lui répond que c'était de sa faute aussi. Après des excuses réciproques, et une fois arrivées en bas, Buffy et Willow se serrent l'une contre l'autre. Alex arrive à ce moment-là, et les deux filles se serrent contre lui... Après ces touchantes retrouvailles, Giles et Alex ouvrent la porte de l'ascenseur. Un groupe de soldats les menace avec des mitraillettes !

Alors qu'ils sont tous les quatre conduits au Colonel, Adam et Spike les observent sur des moniteurs. Adam dit à Spike qu'il a échoué car elle n'est pas seule. Spike essaye de s'enfuir, mais Forrest l'arrête. Adam lui demande de lui enlever sa puce... en le décapitant ! Forrest commence son travail, mais Spike le repousse en lui mettant une cigarette allumée dans l'oeil. Forrest se recule, et Spike s'enfuit.

Le scooby gang est dans le bureau du Colonel McNamara. Buffy lui explique qu'Adam est ici, et qu'il va bientôt attaquer. Le Colonel lui répond que tout est surveillé 24h/24. Willow lui demande si le laboratoire secret l'est aussi, et le Colonel lui demande quel laboratoire. Buffy lui explique, et elle ajoute que tous les démons sont un Cheval de Troie. Elle lui demande comment ils comptent tuer Adam, et le Colonel répond qu'ils vont le neutraliser avec leurs blasters et lui enlever sa source d'énergie. Buffy lui rétorque que les blasters ne font que le renforcer !

Soudain, une coupure de courant générale intervient. Un soldat sur un ordinateur dit au Colonel qu'il ne peut rien faire, et qu'ils sont bloqués dans l'Initiative ! C'est Adam qui contrôle tout, et il déverrouille les cellules des démons ! Le Colonel McNamara ordonne à ses soldats de tuer tous les démons, et il demande à l'un d'entre eux de surveiller les prisonniers. Buffy tente de lui faire comprendre qu'eux seuls peuvent neutraliser Adam, mais le Colonel reste sourd. Une fois tout le monde parti, Buffy neutralise le soldat qui les gardait, et Willow va sur un ordinateur. Par déduction, ils trouvent l'emplacement du laboratoire secret, juste derrière le laboratoire 314. Sur les moniteurs, le scooby gang voit le massacre qui se déroule dans l'Initiative : des soldats, des démons, des scientifiques, tout le monde y passe ! Des explosions interviennent de tous les côtés, et Spike essaye de s'enfuire au milieu du combat. Le scooby gang traverse à son tour le champ de bataille. Ils entrent dans le laboratoire 314 et trouvent la porte cachée qui mène au laboratoire secret où se cache Adam. Pendant que Buffy ira à sa rencontre, les autres préparent le rituel de magie pour vaincre Adam.

Buffy entre et trouve Riley assis. Elle lui demande si ça va, mais il la regarde sans répondre. Elle aperçoit en face de lui les zombies, et Adam derrière eux. Ce dernier explique à la Tueuse que Riley n'a pas été programmé pour parler. Il ajoute qu'il fait partie de la phase finale, et que Buffy devait en faire partie aussi. Il ordonne ensuite à Forrest de la tuer. Il l'attrape, et le Professeur Walsh s'approche d'elle avec un appareil muni d'une lame coupante. Riley reste assis sans rien faire ! Buffy repousse Mme Walsh en lui donnant un double coup de pied, et elle commence à se battre avec Forrest. Mais il est beaucoup plus fort qu'elle, et elle vole dans tous les coins de la pièce. Riley ne peut rien faire, mais il attrape un bout de verre cassé à côté de lui et s'ouvre la peau au-dessus du coeur pour enlever sa puce. Forrest continue de mettre une raclée à Buffy, et il la pose sur une table. Les deux zombies s'approchent d'elle avec leur appareil, mais Riley qui vient de retirer sa puce déconnecte les tuyaux qui les maintenaient en vie. Buffy repousse Forrest, et elle dit à Riley qu'elle doit rattraper Adam. Riley lui répond qu'il s'occupe de Forrest.

Dans la salle 314, Willow récite la formule, assise par terre en rond avec Giles et Alex autour d'un livre et de deux bougies. Chacun joue son rôle dans l'incantation. Pendant ce temps, le Colonel McNamara essaye de résister aux démons, car le combat est loin d'être terminé. Buffy rejoint Adam dans le poste de contrôle. Ils commencent à se battre, et Buffy brise le pieu en bois qui sortait du bras d'Adam. Ce dernier, tout en gardant le sourire, lui dit qu'il en a un autre. Son bras droit se transforme soudain en une puissante mitraillette. Buffy ne s'y attendait pas, et elle se jette derrière les ordinateurs pour se protéger. Adam canarde toute la pièce sans parvenir à atteindre la Tueuse. Il fait exploser le poste de contrôle qui protégeait Buffy, et cette dernière se relève avec des yeux jaunes ! Elle commence à parler en Sumérien, la langue de la formule !!! Adam très intéressé lui tire dessus, mais les balles ne parviennent pas jusqu'à Buffy : elles sont stoppées à une trentaine de centimètres d'elles par une force surnaturelle. On commence à sentir de la peur dans le regard d'Adam !
 

Dans la salle 314, un démon essaye d'entrer, mais la porte est barricadée. Dans le laboratoire secret, Riley se fait éclater par Forrest. Mais Riley se reprend en attrapant une bonbonne remplie d'un gaz explosif. Il l'ouvre et l'envoie sur Forrest. Il court ensuite se protéger de l'explosion qui détruit définitivement Forrest. Adam continue de tirer sur Buffy, il envoie même une roquette, mais la Tueuse l'arrête d'une main et la transforme en trois oiseaux blancs. Elle réussit à distance à ranger l'arme d'Adam. Ce dernier ne comprend pas du tout comment tout ceci arrive, et il a vraiment peur. Ils s'affrontent ensuite au corps à corps, et Buffy lui met une grosse raclée (cette scène est très largement inspirée du superbe film "Matrix" avec Keanu Reeves). Elle le plaque contre le mur, et plante profondément son bras dans le ventre d'Adam. Elle le ressort avec la capsule d'uranium. Adam s'écroule avec un regard d'incompréhension... Riley arrive à ce moment-là et rattrape Buffy qui s'écroule.

Mais tout n'est pas fini puisque le démon réussit à entrer dans la salle 314 où se trouvent Giles, Alex et Willow. Mais au moment où il entre, Spike le rattrape et le neutralise. Giles le remercie, et comprend qu'il a fait ça pour rester "ami" avec le scooby gang après son alliance avec Adam. Riley et Buffy arrivent juste après, heureux que l'épisode Adam soit terminé. Mais il faut maintenant sortir de l'Initiative. Elle demande à Riley d'organiser les soldats et de se diriger vers les sorties pendant que Willow s'occupe de les déverrouiller. Pendant ce temps, le Colonel McNamara se fait tuer par un démon...

Dans un bureau du gouvernement Américain, des hommes se sont réunis pour faire le point sur l'Initiative : cette expérience fut un échec, et ils sont arrivés à la conclusion que les démons ne peuvent ni être domestiqués, ni contrôlés. C'est un déserteur (Riley) et un groupe de civils (le scooby gang) qui ont empêché que les pertes soient totales après la prise de contrôle de l'Initiative par un prototype (Adam). Toutes les preuves attestant l'existence de cette expérience doivent être supprimées, et les locaux doivent être brûlés...